classification du vivant : les bactéries

1 mars 2014 6 01 /03 /mars /2014 14:56

classification du vivant : les bactéries

classification du vivant

(source : wikipédia)

J'ai classé mes très nombreuses photos d'animaux et de fleurs en respectant leur position dans la classification (classique puis phylogénétique) soit Classe/ordre/famille/genre/espèce;

j'ai donc pensé indispensable de regarder le haut de la pyramide, c'est à dire, au-dessus des classes, et en remontant :

sous-embranchement/embranchement/règne/domaine.

pour cette raison je crée les trois articles intitulés "classification du vivant" pour les 3 domaines existants.
Bien sûr, seul le domaine des Eucariotes (animaux et plantes) donnent des liens avec plusieurs centaines d'articles. les 2 autres sont faits uniquement pour compléter l'ensemble (je ne suis pas encore au point, pour photographier des bactéries ! et encore moins pour les identifier !).

ici les BACTERIES "domaine 2"

première mise en ligne 1er mars 2014

GENERALITES sur la CLASSIFICATION DU VIVANT

3 domaines (ou empires) :

1- domaine : Les archées (ou archéobactéries) sont des organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau). Ils possèdent une paroi cellulaire constituée de lipides spécifiques. D'un point de vue écologique, ce sont souvent (mais pas toujours) des extrêmophiles. êtres microscopiques entre 0,1 et 15 µm

règne des Archéobactéries : classification-du-vivant-les-archéobactéries

2- domaine : Les eubactéries (bactéries vraies) sont des organismes unicellulaires à structure procaryote (leur matériel génétique n'est pas enfermé dans un noyau). Ils possèdent une paroi cellulaire constituée de peptidoglycane. 10 000 espèces connues, mais estimées à 5 à 10 millions d'espèces
règne des Bactéries (bacteria)

3- domaine : Eucaryotes (Eukaryota _ "noyau vrai") . Ils peuvent être unicellulaires ou multicellulaires.

-Leur matériel génétique est enfermé dans un noyau délimité par une membrane ;

-ils possèdent des mitochondries ;

-la multiplication cellulaire a lieu par mitose ;

-l'ADN est divisé en chromosomes

-ils présentent une reproduction de type sexuée.

(= tous les êtres vivants sauf les bactéries et les archéobactéries; au vrai tous les êtres vivants visibles - soit à l'oeil nu, soit avec un simple microscope-)

voir : classification-du-vivant : les eucariotes (entre autres champignons, animaux, plantes)

NB:Le virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte. Il fait partie des akaryotes. Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) reste, aujourd'hui, ouvert.

les bactéries et archées (ou archéobactéries) sont apparuent à - 3 millards d'années. C'est l'émergence de la vie.

Voir : temps-géologiques

2- domaine : Les eubactéries (bactéries vraies)

Les bactéries (Bacteria), sont des organismes vivants unicellulaires et procaryotes présents dans tous les milieux.
La plupart des bactéries possèdent une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane.
Les bactéries les plus grosses mesurent plus de 2 μm et, jusqu'au début du XXIe siècle, les spécialistes considéraient que les plus petites mesuraient 0,2 μm, mais il existe des « ultramicrobactéries ».
Les bactéries présentent de nombreuses formes : sphériques (coques), allongées ou en bâtonnets (bacilles), des formes plus ou moins spiralées. L’étude des bactéries est la bactériologie, une branche de la microbiologie.
Il existe environ 7300 espèces connues à ce jour. L'estimation du nombre des espèces oscillerait entre 5 et 10 millions.

Les bactéries sont ubiquitaires et sont présentes dans tous les types de biotopes rencontrés sur Terre. Elles peuvent être isolées du sol, des eaux douces, marines ou saumâtres, de l’air, des profondeurs océaniques, des déchets radioactifs, de la croûte terrestre, sur la peau et dans l’intestin des animaux.
Il y a environ 40 millions de cellules bactériennes dans un gramme de sol et 1 million de cellules bactériennes dans un millilitre d’eau douce. On estime qu'il y aurait (à un instant donné) quatre à six quintillions (4 ×10 puissance 30 à 6×10 puissance 30), soit entre 4 et 6 mille milliards de milliards de milliards de bactéries dans le monde, représentant une grande partie de la biomasse du monde.
Cependant, un grand nombre de ces bactéries ne sont pas encore caractérisées car non cultivables en laboratoire. Les bactéries ont une importance considérable dans les cycles biogéochimiques comme le cycle du carbone et la fixation de l’azote de l’atmosphère...
Chez l'humain, il a été calculé que 1 000 milliards de bactéries colonisent la peau, 10 milliards de bactéries colonisent la bouche et 100 000 milliards de bactéries habitent dans l'intestin, ce qui fait qu'il y a dix fois plus de cellules bactériennes que de cellules humaines dans le corps humain. La plupart de ces bactéries sont inoffensives ou bénéfiques pour l’organisme. Il existe cependant de nombreuses espèces pathogènes.

plus d'information : http://fr.wikipedia.org/wiki/Bacteria
ou : microbes-virus-bacteries : differences

CLASSIFICATION

domaine : Les eubactéries (bactéries vraies)

Règne des bactéries - Bacteria (Cohn, 1870)
Selon le Taxonomy Browser du NCBI : 23 embranchements (ou divisions)

1- embranchement Acidobacteria (Cavalier-Smith, 2002) bactéries acidophiles, contribuent aux écosystèmes
Classe : Acidobacteriae (Cavalier-Smith, 2002)
Classe : Holophagae (Fukunaga, Kurahashi, Yanagi, Yokota & Harayama 2008)

2- embranchement Actinomycètes (Actinobacteria Margulis, 1974) la plupart sont des acteurs de la vie du sol et proches des champignons.
Classe Actinobacteria (Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997) le genre Nocardia est aérobie, les actinomycètes sont anaérobies

3- embranchement Aquificae (Reysenbach 2002) bactéries chimio-lithotrophes autotrophes en aérobie, qui synthétisent de l'eau
Classe aquificae (Reysenbach 2002)

4- embranchement Bacteroidetes dans le sol, dans les sédiments, l'eau de mer et dans les intestins d'animaux (dont l'homme)
Classe Flavobacteriaceae
Classe Flexibacteraceae
Classe Rhodothermus
Classe Sphingobacterium

5- embranchement Chlamydiées (Chlamydiae) les plus connues infectent les mammifères et les oiseaux
Classe Chlamydiae

6- embranchement Chlorobi ou bactéries sulfureuses vertes (Garrity & Holt 2001), bactéries anaérobies photoautotrophes
classe Chlorobia
classe Ignavibacteria

7- embranchement Chrysiogenetes. 1 seule famille, 2 genres
Classe Chrysiogenetes

8- embranchement Cyanobacteria (Stanier ex Caval.-Sm., 2002)
bactéries autrefois appelées "algues bleu-vert". Elles réalisent la photosynthèse oxygénique et peuvent donc transformer l'énergie solaire en énergie chimique utilisable par la cellule en fixant le dioxyde de carbone (CO²) et en libérant du dioxygène (O²)
Classe Cyanophyceae (Schaffner, 1909)

9- embranchement Deferribacteres (Garrity & Holt 2002) 1 seule famille
Classe Deferribacteres (Huber & Stetter 2002)

10- embranchement Deinococcobacteria (Margulis & Schwartz 1998),
Classe Deinococci (Garrity & Holt 2001)
dans l'ordre des Deinococcales : Deinococcus est composé de plusieurs espèces résistantes aux radiations. Ils sont devenus célèbres pour leur capacité à ingérer des déchets nucléaires et autres matières toxiques, de survivre dans le vide de l'espace et à des températures extrêmes.
dans l'ordre des thermales existent des bactéries resistantes à la chaleur.

11- embranchement Dictyoglomi :2 espèces
Classe Dictyoglomia

12- embranchement Fibrobacteres : bactéries de la panse, permettant la dégradation des organes cellulosiques chez les ruminants.

13- embranchement Firmicutes (corrig. Gibbons & Murray 1978) (Firmus cutis : peau dure)
Classe I : Clostridia
Classe II : Mollicutes
Classe III : Bacilli
Classe IV : Togobacteria

14- embranchement Fusobacteria
Classe Fusobacteria

15- embranchement Gemmatimonadetes (Zhang, Sekiguchi, Hanada, Hugenholtz, Kim, Kamagata & Nakamura, 2003)
Classe Gemmatimonadetes (Zhang, Sekiguchi, Hanada, Hugenholtz, Kim, Kamagata & Nakamura, 2003) 1 seule espèce

16- embranchement Nitrospirae 5 espèces . bactéries oxydant le nitrite; importantes dans les habitats marins et les aquariums.(cycle ammoniac / nitrite / nitrate)
Classe Nitrospira

17- embranchement Planctomycetes bactéries aquatiques
classe Phycisphaerae
classe Planctomycetacia

18- embranchement Proteobacteria, groupe très important de bactéries Ce groupe inclut des bactéries pathogènes, telles Escherichia, Salmonella, Vibrio, Helicobacter.
classe : Alpha Proteobacteria
classe : Beta Proteobacteria
classe : Gamma Proteobacteria
classe : Delta Proteobacteria
classe : Epsilon Proteobacteria
classe : Zeta Proteobacteria

19- embranchement Spirochaetae (Cavalier-Smith, 2002) bactéries parasites, sources de maladies pour de nombreux animaux et en particulier pour l'Homme (ex : syphilis, leptospirose, maladie de Lyme.)
Classe Spirochaetes (Cavalier-Smith, 2002)

20- embranchement Thermodesulfobacteria
Classe Thermodesulfobacteria (Hatchikian et al. 2002) 1 seule famille

21- embranchement Thermomicrobia, bactéries verte non-soufre
Classe Thermomicrobia (Garrity & Holt 2001 emend. Hugenholtz & Stackebrandt 2004)

22- embranchement Thermotogae (Reysenbach, 2002) bactéries thermophiles. Elles métabolisent les hydrates de carbone. 1 seule famille
Classe Thermotogae (Reysenbach, 2002)

23- embranchement Verrucomicrobia (Hedlund, Gosink & Staley 1998)
Classe Verrucomicrobiae (Hedlund, Gosink & Staley 1998) 2 familles